The Lost Canvas narre le récit de la précédente guerre sainte et du combat millénaire d'Athéna, déesse de la justice, et de son fidèle chevalier Pégase contre le dieu des morts Hadès, 250 ans avant les événements de Saint Seiya. En Italie, trois orphelins, Tenma, Alone et la soeur de ce dernier, Sasha, traversent les épreuves du quotidien grâce à leur amitié. Lorsque Sasha est adoptée, les deux garçons se retrouvent seuls dans leur village. Alone, jeune peintre de talent, est un garçon timide et excessivement bon, répugnant la violence, ce qui lui vaut d'être souvent défendu par Tenma. Les talents de Tenma pour la maîtrise innée de son cosmos, sont remarqués par Dohko, le chevalier d'or de la Balance, qui l'emmène au Sanctuaire afin de le former. Tenma y retrouve Sasha, la réincarnation de la déesse Athéna que le Sanctuaire et les chevaliers ont pour mission de protéger. Des années après, Tenma est devenu le chevalier de bronze de Pégase et, alors qu'il participe à une expédition des chevaliers en Italie pour enquêter sur les signes du possible retour de l'ennemi juré d'Athéna, le dieu des morts Hadès, il découvre son village à feu et à sang. Mais la plus atroce des révélations se dévoile à Tenma lorsque ce dernier réalise que le responsable de ce massacre n'est autre que son ami Alone, devenu la réincarnation d'Hadès. La guerre sainte est déclarée.